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将商住两用的房屋租给别人注册公司可能会带来一些风险，主要包括以下几个方面。
1、房屋性质与用途的风险：商住两用的房屋虽然可以用于居住和商业经营，但如果租户注册的公司从事的业务不符合该房屋的规划用途，可能会导致房屋用途的改变，进而引发法律纠纷。
2、租户经营风险：如果租户经营的公司出现违法行为或经营不善导致倒闭，可能会产生不良的社会影响，并对房屋的价值产生负面影响，如果租户拖欠税款或工资等费用，也可能涉及到房东的责任。
3、合同风险：在租赁合同中，需要明确房屋用途、经营范围、违约责任等相关条款，如果合同不明确或存在漏洞，可能会导致纠纷和法律责任。
4、注册公司流程的风险：租户注册公司需要遵守相关法律法规，完成工商注册、税务登记等手续，如果租户利用租赁房屋从事非法活动或虚假注册，房东可能会受到牵连。
为了减少风险，房东在出租商住两用房屋时，应该充分了解租户的信誉和经营计划，确保房屋用途符合规划要求，签订租赁合同前应请专业人士审查合同内容，确保合同条款明确、合法、有效，房东应关注租户的经营状况，确保租户合法经营并按时履行合同约定。
信息仅供参考，如有疑问请咨询法律专业人士，总之商住两用房在出租给别人注册公司时需要考虑多方面因素并谨慎决策。